经过2000多年的发展，针灸已经形成了完整的理论体系，并在医疗实践中取得了辉煌的成就。针灸因其操作简单、价格低廉、疗效迅速、无毒副作用而被越来越多的国家和地区所接受。然而
针灸的发展也面临很多问题。
偏离中医理论体系
针灸是中医的重要组成部分，在继承和发扬中医理论体系的前提下实现现代化是理所当然的。然而，相当多的人认为针灸只是一种物理疗法。
除了以神经节段理论为基础的针刺工具、常规刺激参数、刺激部位的临床意义外，经络理论、辨证论治、针刺补泻等传统理论毫无价值。于是五颜六色的针灸医学就变成了用几根针和几个常用穴位的简单疗法。
虽然按照这种思路进行的理论研究也能解释针灸的一些机理，但很难指导临床。
被排除在主流医学之外
在针灸国际化的过程中，由于东西方文化背景和医学观念的差异，西方社会在接触针灸时，往往会自觉或不自觉地用西方的评价标准来衡量和对待针灸医学。这个问题突出地反映在立法中，
迄今为止，世界上140多个使用针灸的国家和地区中，很少有国家通过立法正式承认针灸。由于各种原因，大多数国家和地区的卫生当局不承认针灸为医学专业。
他们要么限制针灸师的医疗活动，要么将针灸师排除在医疗卫生界之外。
专业机构的萎缩
中国针灸高等教育体系建立于20世纪70年代末80年代初。目前，针灸专业的毕业生大多在针灸临床一线工作，提高了针灸的专业素质。但是，目前我国针灸的发展现状不容乐观，存在的问题也很严重。
在一些地区，它正在萎缩。问题主要表现在针灸科被视为附属科室，大部分医院没有针灸科病房，无法形成学科的规模和环境。目前三级中医院针灸科床位约20 ~ 80张，利用率较低。
因为针灸科不赚钱，所以成了大部分医院裁员的对象。现在很多综合医院没有针灸科或者只有门诊部。有些医院的针灸科并入了中医科、康复科、理疗科等科室。在大部分医院，针灸诊室空间狭小，条件非常简陋。
人才外流
由于大多数医院针灸师收入较低，短期内没有改善的可能，国内培养多年的针灸人才大量流失国外或转行。
国外针灸的收费很高，可以体现针灸师的技术价值。美国每人收费60-80美元，德国40-50欧元。
治疗疾病减少
虽然针灸被广泛使用，但长期以来人们认为针灸只能治疗疼痛、瘫痪和器官功能障碍，针灸治疗的疾病数量正在逐渐减少。
不合理的收费
多年来针灸技术的价值和价格严重背离。比如北京地区针灸的医药费标准是：采用针灸疗法时，无论用多少穴位，每人4元钱，火针5元，芒针9元等。其他科室的病人每次都要挂号。
只有针灸是一个疗程。北京某医院做过成本核算。主治医师一年的人工成本大概在4万元左右，针灸师一个小时要治疗5个病人才能收回成本。
治疗一个病人至少需要20到30分钟。还有房屋、公用事业、设施、消毒针头、敷料等的消耗。每个病人的直接费用至少10元。所以针灸治疗根本体现不出医生的技术价值。
针灸和艾灸是脱节的。
中医的针灸也叫针灸，可见两者关系密切。目前临床上多有针灸无灸。《黄帝内经》说“针灸不做的，适合艾灸”。临床上用针灸治疗效果不佳的疾病，或根据不同情况选择不同的艾灸间隔物。
往往能收到较好的疗效。针灸虽然都作用于经络和穴位，但由于使用的方法不同，作用也不同。近年来，一些医生为了避免艾灸时吸烟和火烤，节省人力，用针刺代替艾灸或用红外线代替艾灸。
临床疗效必然会受到影响。
针头的重复使用
目前大部分医院的针头都是重复使用的，存在很大的隐患。虽然国家已将针灸针纳入一次性医疗用品管理，但由于种种原因，一次性针灸针的临床使用率极低，对人民健康构成潜在威胁。
损害国际形象
目前世界上从事针灸治疗的人，有相当一部分根本没有受过高等医学教育。在国内短期学习几天后，就出国用针灸给人治病。导致疗效不佳甚至发生医疗事故，严重损害了中医针灸的国际形象。
