在中医理论体系中，阴阳学说的思想无处不在。阴阳学说用于解释人体的组织结构、生理功能和病理变化，指导疾病的诊断和治疗。
1、解释人的组织结构。
阴阳学说认为人体是一个有机的整体，人体内部充满了阴阳对立统一的关系。从人体部分来说，上为阳，下为阴；体表为阳，体为阴；背部属阳，腹部属阴；四肢外侧为阳，四肢内侧为阴。按脏腑划分，
五脏(心、肝、脾、肺、肾)属于阴，因为其功能以静为主；六腑(胆、胃、小肠、大肠、膀胱和三焦)属于阳，因为它们的功能主要是动态的。五脏按位置可分为阳脏(心、肺)和阴脏(肝、脾、肾)。
在每个脏腑中，其功能可归为阳，而其物质可归为阴。此外，经络还可分为阳经、阴经等。
2.总结人的生理功能。
中医认为，人体正常的生命活动是阴阳和谐的结果。人体的物质基础属于阴，生理功能属于阳，两者相互依存。生理活动是以物质为基础的，生理活动的结果不断促进物质的代谢。
如果人体的阴阳不能相互依存，相互利用，人的生命就会终止。
3.解释人类的病理变化。
中医也用阴阳学说来解释人体的病理变化，认为疾病的发生是由于人体阴阳失衡造成的。阴阳失调的表现有很多，可以概括为阴或阳过盛，对方受累。这些可以统称为“阴阳不和”。在许多情况下，
疾病发生发展的过程就是正邪争斗的过程，各有胜负。这个过程一般可以用阴阳的优、阴阳的衰、阴阳的互损、阴阳的转化来解释。
阴阳偏盛包括阴盛和阳盛，是指由致病因素(或病理性亢奋)引起的阴或阳的病理变化。《素问阴阳应象大论》说：“阴多则阳病，阳多则阴病。阳胜则热，阴胜则寒。”
阴阳两虚包括阴虚(阴虚)和阳虚(阳虚)，是指阴或阳低于正常水平的病理变化。《素问调经论》指出：“阳虚为外寒，阴虚为内热”。由于阳虚，阴寒得不到制约，可出现虚寒的征象，即阳消阴长。
“阳虚寒”；阴虚，无法制约阳气，可出现虚热迹象，即阴消阳久，“阴虚则热。”
阴阳互损是指体内正气，特别是阴液和杨琪的病理关系，包括阴损和阳，阳损和阴。阴阳互失反映了阴阳的关系。阴阳互失，最终表现为“阴阳俱失”和“阴阳两虚”。
阴阳转化是指阴阳失调的病理现象，在一定条件下可以相互转化。《素问阴阳应象大论》“重寒即热，重热即寒”、“重阴即阳，重阳节即阴”就说明了这种病理情况。
4、指导疾病的诊治
因为中医认为疾病发生发展的原因是阴阳失调，任何疾病，无论其病情多么复杂多变，都可以用阴阳学说来诊断。中医诊断疾病首先要区分阴阳，可以用阴阳来概括证型，分析四诊。
如果看颜色鲜艳的属于阳，颜色暗的属于阴；声音大的属阳，声音小的属阴；脉浮、数、重属阳，脉沉、迟、小属阴等。从证型来看，病位属阳于表、阳于实、阳于热证；但病位在内属阴，虚证属阴。
寒证为阴等。
中医在决定治疗原则和临床用药时，也是以阴阳学说为指导。比如对于阳邪过盛引起的实热证，根据热即寒的原则，使用寒凉药物清热；对于阴气过盛引起的寒证，应根据寒为热的原则，用温药祛寒。
对于阴虚引起的虚热证，宜用滋阴药物补虚；对于阳虚引起的虚寒证，宜用温阳药补阳。在阴阳两虚的情况下，阴阳都要补。
阴阳学说还可以用来总结中药的性质和味道，指导临床使用。一般来说，寒凉药物属阴，温热药物属阳；味酸、苦、咸者属阴，味辛、甜、淡者属阳；会聚沉降者属阴，发散隆起者属阳。在临床用药中，
应根据疾病的阴阳性质确定治疗原则，再根据药物的阴阳性质决定用药。
