修剪是通过修剪来控制植物生长的一种管理措施。修剪主要用于以果实为药的木本中药材，但有些草本中药材也需要修剪。对于以树皮入药的中药材，要培育出挺拔粗壮的主干，剪去下部过早的枝条。
以果实和种子为药的中药材，可适当控制植株高度，调整各级主枝和侧枝，促进植株开花结果。幼树一般应轻剪，部分灌木如枸杞、玫瑰等应重剪。对于成年树，它经常被删除或截断。
为了使树的生命力旺盛，各部分之间相对平衡，每年都能产生结实饱满的营养枝和结实能力强的果枝。
打顶时，顶芽被去除。通过破坏植株的顶端优势，抑制主茎的生长，促进侧芽的发育。因为有些中药材生长缓慢，植株稀疏，顶芽去掉了，侧枝长得快，可以提前合拢。如乌头，适时打顶和连续摘掉侧芽可以抑制地上部分的生长，
促进地下块茎的膨大，提高乌头产量。打顶宜早不宜迟，宜在晴天打，以利于伤口愈合。
为了繁殖，采芽植物总是优先选择生殖器官。去除花芽抵抗生殖生长，促进营养器官的生长。凡是不以种子或果实入药或不采集种子的中药材，如白术、桔梗、人参、黄连、三七等，都可以通过摘芽增产。
全根仅用于中药材，如附子、芍药、柴胡。去除过多的侧根，保证主根的生长和肥大。
