在弄清楚这个问题之前，我们必须先明确副作用的含义和来源。
我们现在所知道的副作用是西医提出的，也就是说，一种疾病虽然被药物“治愈”，但可能会出现其他的不良反应。
产生副作用的主要原因在于西药都是先在体外研制出来的，当这些药物在体外有效后，再在人体上进行试验。由于人体的生理生化反应比体外复杂得多，这些药物进入人体后往往不仅作用于病理指标，而且往往对正常的生理指标也产生影响，从而扰乱了人体正常的生理反应，产生意想不到的副作用。
只要这些副作用没有比原有病理反应更严重，药物往往会被保留用于临床治疗。所以西医的副作用是西医对人体生理没有完全了解造成的，西医的发展只是在不完善的西医理论指导下的尝试性探索，是经验行为，并不代表科学和真理。
那么中药有副作用吗？中医有自己完整的理论体系，真正的中医就是在这个理论体系的指导下开药的。所有药物都是针对患者目前的病机和病理开的。好的中医会考虑周全，控制药性、剂量，让药物刚好治病，不会过量，避免出现其他问题。《黄帝内经》说，治病要去六毒，治病要去七毒，治毒小要去八毒；治无毒要去九毒。五谷肉果蔬菜要吃得饱饱的，但也不能吃得太多，这样会损害身体。药物最多只能治好九成的病，其余的可以通过饮食来恢复，这就是用药的原理。
俗话说药三分毒，这里的毒并不是我们一般理解的那种能致人死亡的剧毒，而是指药物的偏性。中医认为，人之所以生病，就是偏离了正常状态，治疗就是利用药物的偏性来纠正人体的偏性，使人恢复正常。人体偏离正常状态越远，所用药物的偏性就越大。这种偏性大的药物就是剧毒，也就是我们常说的剧毒。剧毒物质可以杀死正常人，但对于重病的人来说却是救命药。然而现代中药药典却按照西医理论，对这类剧毒物质进行了严格的限制，导致医生不敢用药，使得很多重病患者面临重病轻药的困境，延误了病情。药本来就是给病人吃的。 用普通人作为标准，这不是很奇怪的逻辑吗？
再说说中药的副作用。好的中医会因为考虑周全而开出没有副作用的药。但如果中医考虑不周全，忽视了某些症状，或者用药过量，导致出现其他症状，也会产生我们所理解的副作用。这其实应该算是治疗不当，与中医理论、中医无关，是医生不够专业导致的。
还有传言说龙胆泻肝丸有肾毒性，小柴胡颗粒引起肺纤维化，这些都是中药的副作用。龙胆泻肝丸的肾毒性是因为使用了含有马兜铃酸的关木通（马兜铃科植物），原方用的是木通（木通），因药名相似而被误用，小柴胡颗粒就是因为误用而导致肺纤维化。这件事发生在废医禁药的日本，他们完全抛弃了中医理论，用西医理论来指导中药的使用，认为小柴胡颗粒有保肝作用，然后引导民众服用小柴胡颗粒来保肝，有人长期服用后就出现了肺纤维化。 这完全是没有用中医理论去用药，最后却把责任推到中医身上。副作用产生的过程和西药副作用产生的过程很像吗？都是在不了解真相的情况下胡乱用药造成的。这件事也证明了“废医留药”这条路是行不通的。没有中医理论指导的中医不算中医；而在中医理论指导下使用的西医也可以算是中医。就好比打仗，用什么样的兵不重要，谁指挥，刘备和韩信指挥同样的兵，结果会一样吗？所以，中医理论比中医更重要。
总结一下，只有用错了的中药，没有副作用的中药，所谓的副作用其实只是为错误找的借口而已。
另外，我再说一句，有些中药开的药是对的，但吃了之后，病情会出现加重的现象，中医把这叫“明宣反应”，这是药物帮助身体恢复正气后，正气对邪气有很强的抵抗力的表现，邪气被打败后，这种现象就消失了。
至于中药材因农药残留、重金属超标等引起的副作用，这些与中药无关，属于品控问题，我们就不多谈了。
